Nur wenige Meter östlich von Frickingen verlief eine Römerstraße, die die römischen Siedlungen in Faimingen (Phoebiana) und Oberdorf (Opia) miteinander verband – ein Hinweis auf die lange Siedlungsgeschichte der Region.

Frickingen wurde erstmals im 9. Jahrhundert als Frideruchingen erwähnt, um 1140 als Fridechingen. Der Ortsname geht vermutlich auf einen alamannischen Sippenführer mit dem Namen „Friederich“ oder ähnlich zurück.

Im 8. und 9. Jahrhundert hatte das Kloster Fulda Besitz in Frickingen. Zwei Frickinger Höfe wurden im Jahr 1144 durch die Herren von Fronhofen dem Kloster Berchtesgaden geschenkt. Später fiel der Ort an die Grafen von Oettingen. Auch das Kloster Kirchheim hatte dort Untertanen, und das Kloster Christgarten besaß eine Gült im Ort.

Zum Ortsteil Frickingen gehören die Weiler Iggenhausen und Katzenstein.

Frickingen ist ein charmantes Dorf, das sich durch rege Beteiligung an Verschönerungswettbewerben einen Namen gemacht hat. 1985 wurde der Ort beim Landeswettbewerb „Unser Dorf soll schöner werden“ mit der Goldmedaille ausgezeichnet. Auch beim Kreiswettbewerb 1992 erzielte Frickingen mit dem 3. Platz eine beachtliche Leistung.

Die bauliche Weiterentwicklung des Ortes wird derzeit durch die Erweiterung des Baugebietes Kappelesäcker sichergestellt.

Bis 1974 war Frickingen eine eigenständige Gemeinde.